咨询工程师(投资)执业资格证书是由人事部和国家发展和改革委员会共同负责颁发的。这两个部门共同组织协调、监督指导全国注册咨询工程师(投资)执业资格制度的政策制定,并成立了全国注册咨询工程师(投资)执业资格管理委员会“中国工程咨询协会”。因此,咨询工程师的执业资格证书是由人事部和国家发展和改革委员会共同颁发的。